Szervezet neve: Aceh Szabadságáért (Gerakin Aceh Merdeka - GAM)
Története: A radikális iszlámista és szeparatista alapideológiát képviselő szervezet Indonézia északi tartományának, Acehnak a függetlenségért harcol, mely történelme során mindig is rebellis területnek számított. Sem a gyarmatosító hollandoknak, sem a megszálló japánoknak nem sikerült teljesen leigázni Acehot, amely így folyamatosan rendelkezett bizonyos fokú autonóm jogosítványokkal. Indonézia függetlenné válása után a terület vallási és kulturális önállóságot kapott. Az Acehban felfedezett kőolajkészletek azonban más politikára ösztönözték a dzsakartai kormányt, mely minden szeparatista hajlamot elfojtva brutális beavatkozással a térség teljes integritását tűzte ki célul. Ennek érdekében – az Exxon Mobillal közösen – 200.000 aceh-i lakost űztek el otthonukból. Az intézkedés súlyos konfrontációhoz vezetett, melynek feltételezhetően több ezer halottja is volt. Az eszkalálódó konfliktus az aceh-i szeparatista csoportok szervezkedését eredményezte, mely következtében jött létre a GAM, amely a mai napig aktív résztvevője az eseményeknek. Több nyugati közvetítő is próbálkozott tárgyalóasztalhoz ültetni a feleket, és átmeneti tűzszünetre bírni azokat, ez azonban máig nem realizálódott, noha a régió konszolidálódása érdekében történtek előrelépések (2005 augusztusa óta a GAM betartja a tűzszüneti felhívást).
Szervezet neve: Az Iszlám Közösség (Jemaah Islamiya – JI)
Története: A főleg Távol-Keleten aktív szervezet – bár már Egyiptomban is hajtottak végre merényletet –, 1993-ban alakult meg Malajziában. Követői szélsőséges dzsihádista, fundamentalista ideológiát vallanak, amely tökéletesen egyezik az al-Kaida alapelveivel, emiatt is létezik operatív kapcsolat a két terrorszervezet között. Az Iszlám Közösséget két szélsőséges indonéz muzulmán alapította, akik fő célként egy kiterjedt, tálib típusú távol-keleti állam létrehozását jelölték meg, mely magában foglalná Indonéziát, Malajziát, Szingapúrt, Bruneit, valamint Dél-Thaiföldet és a Fülöp-szigetek muzulmán részeit is. A JI különösen brutális és kegyetlen merényletek elkövetésével vádolható. A 2002. október 12-én Baliban végrehajtott öngyilkos merényletsorozatnak 202-en estek áldozatául, és közel 300-an sebesültek meg. 2004 szeptemberében Indonézia fővárosában, Jakartában tízen haltak meg, amikor a szervezet „lábon járó bombája” felrobbantotta önmagát. A halottak mellett több mint 180-an sebesültek meg. Egy hónappal később autóba rejtett bomba robbant az egyiptomi Téba Hilton szállodájának garázsában: 34-en meghaltak, közel 160-an megsebesültek. Decemberben a fülöp-szigeteki General Santos City piacán történt merénylet. Itt 15-en vesztették életüket, és több mint 50-en szenvedtek különböző sérüléseket. 2005 októberében újra a Baliban nyaraló turistákat támadta az Iszlám Közösség. Húszan haltak meg, és legkevesebb kétszáz sebesültje volt az akciónak.
Szervezet neve: Dzsihád Hadsereg (Lashkar Jihad)
Története: Az indonéz székhelyű dzsihádista filozófiájú szervezet legfőbb célja, hogy konfrontációt gerjesszen Maluku (indonéz sziget) muzulmán és keresztény lakosai közt. A Dzsihád Hadsereg egyszerre iszlám fundamentalista és szeparatista nacionalista, mivel az „eleve elrendelt, szent vallási háború” mellett a Maluku-szigetek Indonéziától való elszakadásáért is harcol. Valójában azonban a Dzsihád Hadsereg csak egy a térség több paramilitarista szervezete közül, melyek évtizedek óta meg-megújuló összecsapásokat vívnak egymással és az indonéz hadsereggel. A folyamatos fegyveres tevékenység miatt a Dzsihád Hadsereg nem is tekinthető klasszikus illegális terrorszervezetnek, inkább egy törvénytelenül, de mégis nyíltan működő félkatonai mozgalomnak, mely a kilencvenes évek végén alakult azzal a céllal, hogy kiűzze a keresztényeket Malukuból. A szervezet a tálib mintákat követi mind működési, mind harcászati szempontból. A hadsereg közel 10.000 tagját Afganisztánban és néhány eldugott indonéz szigeten képezik ki. A malukui keresztények ellen indított támadásokban ezrek vesztették életüket, mire az indonéz kormány – átmenetileg – újra rendet tudott teremteni. 2002-re a Dzsihád Hadsereget sikerült megfékezni, azonban a hivatalos álláspont, mely szerint a mozgalmat teljesen le is fegyverezték, nem tükrözi a valóságot.