Szervezet neve: Moro Iszlám Felszabadítási Front (MIFF)
Története: A szervezet valamikor a hetvenes évek végén vagy a nyolcvanas évek elején alakult, a lázadók és a kormány közti megállapodást elutasító szélsőségesek tagjaiból. Később a mozgalom – felfedezve muzulmán identitását – harcot hirdetett a Fülöp-szigetek egészének iszlamizálásáért. A MIFF és a kormányerők között fel-fellángoló harcok már több száz halálos áldozatot követeltek, mire 2001 júniusában megkötötték az átmeneti tűzszüneti megállapodást. A kiterjedt harcok azóta csillapodtak, azonban a terrormerényletek száma nem csökkent igazán. Sok európai és amerikai turista is a váltságdíjat követelő MIFF-emberrablók áldozatává vált, ráadásul a szervezet ma már fenntartás nélkül támad civil célpontokat is (2003 márciusában egy utasszállítón hajtottak végre robbantást – még felszállás előtt – megölve 24 utast).
Szervezet neve: Az Új Emberek Hadserege
Története: Az Új Emberek Hadserege valószínűsíthetően a hatvanas évek elején alakult, elsősorban kínai támogatással. A mozgalom tipikus kommunista-gerilla szervezetként kezdte meg illegális működését, majd a nyolcvanas évek elején, a kínai források megszűnte után egy jelentős újjászervezés kellett a fennmaradásához. Az Új Emberek Hadseregének legfőbb célja, hogy kommunista-szocialista állammá alakítsa át a Fülöp-szigeteket, amelynek érdekében két alaptaktikát követ: először is folyamatosan támadja a külföldi befektetőket és turistákat, másodsorban likvidálja azon fülöp-szigeteki állampolgárokat, akik kritizálják a mozgalom tevékenységét. A kilencvenes évek során többször is tárgyalóasztalhoz ült a kormány és az Új Emberek Hadseregének vezetősége, azonban a konszolidálódáshoz szükséges megállapodást egyszer sem sikerült megkötni. A mozgalom napjainkban is releváns veszélyforrást jelent a fülöp-szigeteki kormány és lakosság, sőt talán az egész – instabilitással küszködő – régió számára (2006-ban négy akció során összesen három személyt öltek meg az Új Emberek Hadseregének fegyveresei).
Szervezet neve: Abu Szájjáf Csoport
Története: Az Abu Szájjáf Csoportot a fülöp-szigeteki kormány és a MIFF között kötött általános fegyverszüneti megállapodással egyet nem értő radikálisok alakították 1991-ben. A mozgalom a harcok tovább folytatása mellett tett esküt, mindaddig, míg Mindanao (a Fülöp-szigetek egyik legnagyobb szigete) független iszlám köztársasággá nem válik. Az Abu Szájjáf Csoport tagjainak többségét Afganisztánban képezték ki, ahonnan 2001-ig folyamatos anyagi és eszközbeli támogatást is kaptak. A mozgalom ideológiája szunnita alapértelmezésű szélsőséges iszlámista, fanatista. Jelenleg a legaktívabb és potenciálisan a legveszélyesebb fülöp-szigeteki terrorszervezet (több mint 55 akció, közel kétszáz halálos áldozat és legkevesebb 550 sebesült). Merényletei főleg kormányzati, rendőri, katonai és külföldi turista célpontok ellen irányulnak. Utóbbiak a tálib támogatás csökkenésével párhuzamosan a mozgalom egyik fő anyagi forrásává váltak, ami miatt néhány szakértői vélemény az Abu Szájjáf Csoport esetében a pénzszerzési motivációt inkább hangsúlyosnak véli az ideológiai–vallási küldetéstudattal szemben.